“嗯。”沈辞点了点头，“我们现在能做的，就是把案件材料整理好，确保每个证据都扎实，每个嫌疑人都得到应有的惩罚。至于制度改革，相信这个案子会推动相关部门重视起来的。”
接下来的几天，沈辞和谢云加班加点，把案件材料整理得清清楚楚，分成了正卷和副卷，详细记录了案件的侦查过程、证据清单、嫌疑人供述等，然后移交给了广州市人民检察院。检察院很快就对乔燕琴等12名故意伤害罪嫌疑人，以及李耀辉等6名玩忽职守罪嫌疑人，提起了公诉。
在案件审理之前，沈辞和谢云又去了一趟收容人员救治站和收容遣送中转站，进行了补充侦查。他们发现，这两个地方存在很多问题：收容遣送中转站的工作人员，在收容人员时，往往不认真核实身份，只要没带证件，就随意收容；有些工作人员还趁机索要好处，不给钱就打骂被收容人员，甚至故意延长收容时间。收容人员救治站的医疗条件很差，医生护士责任心不强，对被收容人员的病情和安全漠不关心，护工和被收容人员勾结，欺负其他被收容人员的事情，更是家常便饭。
“沈队，你看这里的登记记录，很多被收容人员都没有详细的身份信息，只写着‘无名男’‘无名女’。”谢云翻着收容遣送中转站的登记本，皱着眉头说，“还有这个，3月15号，一个叫王强的外来工，因为没带暂住证被收容，后来他家人带着用工证明来领人，他们竟然要收500块赎金，不然就遣送回原籍。这根本就是敲诈！”
沈辞接过登记本，越看越生气：“收容遣送制度本来是为了救助流浪乞讨人员，现在却变成了随意限制公民人身自由的工具。很多工作人员利用这个制度，随意收容、罚款、索要好处，已经严重侵犯了公民的合法权益。”
他们把补充侦查到的情况，写成了一份详细的报告，提交给了市局和检察院。这份报告引起了相关部门的高度重视，广州市很快就开展了收容遣送机构的专项整顿工作，要求各收容站和救治站规范管理，严肃查处工作人员的违法违纪行为。
6月5日，孙志刚案在广州市中级人民法院、天河区法院、白云区法院同时开庭审理。沈辞和谢云作为案件的侦查人员，也参加了庭审。
广州中院的审判庭里，座无虚席。除了当事人家属和记者，还有不少关注案件的市民和外来务工人员。孙志刚的父亲孙六松坐在旁听席上，由孙志国搀扶着，脸色苍白。当检察官宣读起诉书，详细描述孙志刚被殴打致死的过程时，孙六松忍不住捶着胸口，痛哭失声，好几次都差点晕过去，被孙志国扶着暂时离开审判庭。
庭审中，12名故意伤害罪被告人被逐一讯问。第一个被讯问的是乔燕琴，她一开始还想狡辩，说自己不知道孙志刚被打，当时不在现场。但其他被告人的供述，都指认她是主谋，是她指使大家殴打孙志刚的。李海婴、钟辽国等8名直接殴打孙志刚的被告人，都供认了自己的罪行，但都辩称是被乔燕琴指使的，而且他们之前也被护工和其他被收容人员殴打过，心里害怕，才不得不听从乔燕琴的命令。